植物保护学院下设植病系、昆虫系和农药系3个系，1个教学实验中心和1个本科学生创新能力培养基地。建有“农业生物多样性应用技术国家工程研究中心”、“农业生物多样性与病害控制教育部重点实验室”、“云南省植物病理重点实验室”、“东南亚暑类作物科研与培训中心”等；目前有植物保护学博士后科研流动站、植物保护一级学科博士点和硕士点各1个，二级学科植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学博士点3个，植物病理学、农业昆虫与害虫防治硕士点、农药学硕士学位授权点3个，植物保护、动植物检疫本科专业2个。目前在校本科生520人（含留学生2人），硕士生218人，博士生61人。
学院现有专任教师65人，其中教授17人，副教授25人，讲师19人，助教4人。博士生导师11人，硕士生导师32人；具博士、硕士学位教师50人，占76.9%。45岁以下教师53人，占专任教师总数的81.5%。教师队伍中有教育部学部委员1人，973首席科学家1人，全国杰出专业技术人才1人，全国教学名师1人，云南省教学名师1人，国家新世纪百千万人才1人，国家特殊津贴专家4人，何梁何利科技进步奖1人，霍英东教育基金会青年教师奖获得者1人、中国农学会青年科技奖获得者1人、中国植物保护学会青年科技奖获得者2人、云南省特聘教授1人、云南省学术技术带头人7人、兴滇人才奖获得者1人、云南省突出贡献专家3人、云南省特殊津贴专家4人；获国家奖前3名、省部级一等奖前3名、二等奖前2名的人员共19人。
2001年来首席主持国家973、主持全球环境基金（GEF）、863计划、国家自然科学基金及省部级等项目97项，在研经费1.26亿元。发表学术论文421篇，专著12部，申请发明专利59项，授权18项，实审44项。获国内外科技奖15项，其中国际奖2项，国家技术发明二等奖1项，省部级科技进步一等奖4项，二等奖5项。11项研究成果被国家和省市列为重大农业成果推广，累计应用面积1亿余亩，促进农民增收近百亿元。学院数十年的潜心研究，形成了国内外高度评价和普遍认可的生物多样性控制作物病害的科研特色。
